A ABEE-MS é presidida pela Engenheira Taynara Cristina Ferreira de Souza, responsável pela condução das ações institucionais e representativas da entidade no estado de Mato Grosso do Sul. A Vice-Presidência é ocupada pela Engenheira Andrea Romero Karmouche, atuando em conjunto na liderança da seção.

A Diretoria Executiva conta com o Engenheiro Bruno Kagich de Carvalho como Primeiro Secretário, e o Engenheiro Neilton Jose Barbosa como Segundo Secretário, que contribuem com a organização administrativa e documental da entidade.

Na área financeira, o cargo de Primeiro Tesoureiro é exercido pelo Engenheiro Luis Carlos Santini Junior, enquanto o Engenheiro Marco Aurelio Alves Duarte atua como Segundo Tesoureiro, ambos responsáveis pela gestão dos recursos e transparência orçamentária.

A Diretoria de Eventos é conduzida pelo Engenheiro Bruno Egues de Arruda, com apoio da Diretora Assistente Amanda Chiminacio da Silva, que atuam na realização e articulação de eventos técnicos, científicos e institucionais.

O Conselho Consultivo da ABEE-MS é composto pelos membros titulares Marcos Antonio Leite das Virgens e José Antonio Canuto dos Santos, com suplência de Geriel Dias de Lima e Celso Marlei dos Santos, que prestam suporte estratégico e orientação institucional às decisões da entidade.